簡(jiǎn)單介紹小麥全外顯子捕獲技術(shù)的作用
更新時(shí)間:2023-04-19 點(diǎn)擊次數(shù):1479次
小麥全外顯子捕獲是一種基于高通量測(cè)序的技術(shù),可以快速檢測(cè)小麥基因組中的所有外顯子區(qū)域。它可以用于對(duì)小麥基因組的進(jìn)一步研究,包括遺傳多樣性分析、功能基因組學(xué)、耐旱、耐鹽等重要農(nóng)業(yè)特性的研究。此外,小麥全外顯子捕獲也可以用于診斷小麥中的基因突變,以便培育更高產(chǎn)、更健康和更適應(yīng)不良環(huán)境的小麥品種。
小麥全外顯子捕獲技術(shù)優(yōu)點(diǎn)多多。首先,它能夠高效地鑒定小麥基因組中的各種遺傳變異,包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入和缺失變異以及基因重排等。其次,它能夠快速地獲得大規(guī)模的基因組數(shù)據(jù),為小麥基因組的功能研究提供重要的數(shù)據(jù)支持。最后,小麥全外顯子捕獲技術(shù)還可用于小麥品種鑒定,保護(hù)小麥種質(zhì)資源,為小麥育種和生產(chǎn)提供重要的輔助技術(shù)。
相比于其他基因測(cè)序技術(shù),小麥全外顯子捕獲技術(shù)也存在一些限制。首先,該技術(shù)需要依賴高質(zhì)量的全基因組參考序列,否則會(huì)影響數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。其次,小麥基因組非常復(fù)雜,存在著豐富的多態(tài)性和復(fù)雜的基因重排,因此,在進(jìn)行數(shù)據(jù)分析和解讀時(shí),需要利用多種分析工具和數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行驗(yàn)證和比對(duì),以保證數(shù)據(jù)分析的可靠性和精度。
myBaits Expert Wheat Exome與國(guó)際小麥基因組測(cè)序聯(lián)盟(IWGSC)合作開發(fā),使用了IWGSC發(fā)布的中國(guó)春基因組和注釋信息。靶向六倍體小麥中完整的高置信度且有基因注釋的外顯子區(qū)域,能夠全面、統(tǒng)一、可靠地深入覆蓋大干15 Gb的小麥基因組中超過(guò)250 Mb的CDS及其鄰近區(qū)域。該panel包含兩百多萬(wàn)條探針,運(yùn)用優(yōu)化算法設(shè)計(jì),并經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步優(yōu)化,兼容市面上已知的文庫(kù)制備方法及測(cè)序平臺(tái)。與全基因組測(cè)序相比,該panel大大降低了外顯子組研究的測(cè)序和分析成本。