更新時(shí)間：2024-08-07
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CUT-Tag互作技術(shù)服務(wù)-研究DNA與蛋白互作（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是研究DNA與蛋白互作的新技術(shù)。與ChIP-Seq相比，CUT&Tag不需要甲醛交聯(lián)和免疫共沉淀的過程，而是通過靶蛋白的抗體和Protein A的介導(dǎo)，使Protein A融合的Tn5轉(zhuǎn)座酶靶向并切割DNA，同時(shí)在序列兩端加上測序接頭，經(jīng)PCR擴(kuò)增后形成高通量測序文庫。
（CUT-Tag互作技術(shù)服務(wù)-研究DNA與蛋白互作）實(shí)驗(yàn)流程圖
細(xì)胞與ConA beads結(jié)合——細(xì)胞滲透性處理——一抗與目的蛋白特異性結(jié)合——二抗結(jié)合一抗放大信號——加入pA-Tn5與抗體結(jié)合——通過Mg2+激活轉(zhuǎn)座體，片段化目的蛋白結(jié)合的DNA，并加上接頭序列——DNA提取與擴(kuò)增-高通量測序
| 客戶提供材料 | 實(shí)驗(yàn)過程圖 |
| 凍存細(xì)胞：細(xì)胞數(shù)>10萬 凍存組織：組織量>40 mg 一抗（請使用ChIP級別的一抗，提供未稀釋的抗體原液， 送樣前請將抗體的說明書發(fā)給我們，以便安排后續(xù)實(shí)驗(yàn) | 高通量測序原始數(shù)據(jù) 生物信息學(xué)分析結(jié)果 |
使用CUT&Tag，鑒定H3K27me3在染色質(zhì)水平上的peaks。與ChIP-seq相比，在相同Reads條件下，兩者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。
參考文獻(xiàn)：
Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.
| CUT&Tag，DAP-seq，ChIP-seq技術(shù)對比 | |||
| 技術(shù)名稱 | CUT&Tag | DAP-seq | ChIP-seq |
| 實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｊ?/td> | 體內(nèi) | 體外 | 體內(nèi) |
| 是否需要特異性抗體 | 是 | 否 | 是 |
| 樣本適用性 | 對細(xì)胞活性要求高，不兼容冷凍樣本，能夠?qū)O少量樣品進(jìn)行分析 | 所有物種，各種組織器官，新鮮組織、凍存組織皆可 | 所有物種，各種組織器官，新鮮組織、凍存組織皆可 |
| 信噪比 | 背景噪音低，所需測序深度少 | 噪音高，所需測序量相對較多 | 噪音高，所需測序量相對較多 |
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